За невиконання ФК "Говерла" рішень Палати ФФУ з вирішення спорів від 11 листопада 2012 р. та 19 грудня 2012 р. у справах № 04/09/2012 і 18/10/2012 (трудові спори з екс-гравцями команди Дмитром Вітром та Сергієм Нудним відповідно) на ужгородський клуб накладено штрафи у розмірі 35 тисяч гривень загалом.
За невиконання СК "Таврія" рішень Палати ФФУ з вирішення спорів від 17 жовтня 2012 р. у справах № 01/09/2012, 02/09/2012 і 03/09/2012 (проти колишніх тренерів Семена Альтмана, Геннадія Альтмана та Олександра Скрипника) клуб зобов’язаний сплатити штрафи на загальну суму 30 тисяч гривень.
Дніпропетровський "Дніпро" має сплатити штраф у розмірі 75 000 гривень за скандування вболівальниками команди нецензурних виразів та кидання сторонніх предметів в ігрову зону на стадіоні "Дніпро-Арена" 17 березня 2013 р. під час матчу 21-го туру чемпіонату "Дніпро" - "Кривбас".
Фінансові санкції у 25 тисяч гривень застосовані до харківського "Металісту", шанувальники якого використовували піротехнічні засоби на стадіоні "Металіст" 18 березня 2013 р. під час зустрічі з ужгородською "Говерлою" у рамках 21-го туру.
Один матч дискваліфікації та 1500 гривень − така ціна вилучення з меж технічної зони адміністратора запорізького "Металургу" Андрія Демченка, яке мало місце 27 березня 2013 р. у матчі 5-го туру чемпіонату U-19 "Металіст" (Харків) − "Металург" (Запоріжжя).
КДК ФФУ також встановив, що матч 14-го туру чемпіонату U-19 між маріупольським "Іллічівцем" та київським "Арсеналом" не відбувся через форс-мажорні обставини, які завадили вчасно прибути на матч команді гостей. Таким чином, у клубів є 5 днів для погодження нової дати проведення даного матчу. В іншому випадку це зробить Дирекція Прем’єр-ліги.
