За неправомірні дії вболівальників під час матчу 12-го туру чемпіонату "Дніпро" − "Металіст", який проводився 6 жовтня і був дограний 4 грудня 2013 року, обидва клуба отримали фінансові санкції у розмірі 200 тисяч гривень для кожного.

За агресивну поведінку у епізоді, що відбувся на 75-й хвилині цього ж матчу між Соузою і Ротанем, гравця харківської команди дискваліфіковано на дві гри. Крім того, внаслідок вилучення з меж технічної зони головного тренера "Дніпра" Рамоса, іспанського спеціаліста відсторонено на один матч та оштрафовано на 7,5 тисяч гривень.

За несплату футбольними клубами "Буковина", "Нива", "Арсенал-Київщина", "Енергія" та "Кристал" частини заявкового внеску на участь у змаганнях ПФЛ України сезону 2013/2014 років, на них накладено санкцію у вигляді позбавлення права на реєстрацію у ФФУ нових футболістів до моменту погашення заборгованості.